Ils sont tous deux très faciles d'accès. Comme l'a noté Artem, vous pouvez prendre le NJ Transit de Newark à NY Penn Station, ce qui est plus confortable que le métro.
Vous pouvez en fait faire un voyage presque identique depuis JFK : vous prenez l'AirTrain de votre terminal jusqu'à l'arrêt Jamaïque, puis vous pouvez transférer vers n'importe quel train de Long Island Railroad (LIRR) en direction de Penn-Station. Vous vous retrouvez au même endroit central et pratique de Manhattan que l'option NJ Transit from Newark.
Il peut être préférable de prendre l'avion jusqu'à JFK, étant donné que c'est un week-end. Il semble que le LIRR fonctionne plus fréquemment à cette heure de la journée le samedi (~3 fois par heure). Les trains de la NJ Transit semblent être aux heures 04 et 15 de l'heure - vous pourriez donc vous retrouver à attendre un train pendant environ 50 minutes. (Vous pouvez consulter les horaires NJ Transit Schedule - sélectionnez Newark Airport to New York Penn Station - et LIRR schedule - Jamaica to Penn Station - vous-même). Ces deux options vous coûteront environ 12 à 15 dollars par personne pour un aller simple, et vous conduiront en plein centre de Manhattan avec des correspondances faciles vers environ 8 lignes de métro.
Vous avez également la possibilité de prendre 2 bus de Newark à Penn Station , ce qui, selon Google Maps, représente à peu près le même temps (~40 minutes) que prendre le train de JFK . Cela ne tient évidemment pas compte du trafic que vous pourriez rencontrer dans le bus.
JFK a la possibilité supplémentaire de prendre le métro jusqu'à Manhattan. Bien que moins chère (5 $ pour l'AirTrain + 2,25 $ pour le métro), je trouve que cette option prend beaucoup plus de temps, et s'il y a beaucoup de monde, le traitement des bagages peut être pénible.
About.com propose un joli résumé de toutes vos différentes options pour les voyages JFK-Manhattan, ainsi que EWR-Manhattan travel . (Des navettes sont disponibles depuis les deux aéroports vers différents endroits de Manhattan, mais je ne peux pas en parler d'expérience)
Ma recommandation personnelle serait de prendre l'avion jusqu'à JFK ; prendre l'AirTrain jusqu'à LIRR est un joli choix au milieu de la route qui allie commodité, confort et prix abordable. (Les taxis sont chers, les bus sont généralement plus lents et plus bondés, les métros sont accidentés ou ratés, et je n'ai jamais pris la navette).