Il est souvent difficile de savoir à l'avance si certains pays exigent ou non une validité de six mois, aussi la solution la plus sûre consiste toujours à s'assurer que votre passeport est renouvelé bien avant cette période de six mois.
Heureusement, pour le Japon, il existe une réponse qui fait assez autorité à ce sujet :
_Certains pays asiatiques exigent une validité de passeport de 6 mois pour que je puisse entrer. Cela s'applique-t-il au Japon ? Le passeport doit rester valide pendant la durée du séjour, mais aucune durée de validité minimale n'est requise.
(extrait de la page FAQ du Consulat général du Japon, Melbourne )
Notez que cela s'applique à l'entrée, et non pas nécessairement à une demande de visa (comme l'indique @TheWanderingCoder dans les commentaires). Si vous avez besoin d'un visa, il est probable qu'une validité de six mois s'appliquera toujours à celui-ci (par exemple, visa d'étudiant de niveau préuniversitaire, visa d'étudiant de niveau universitaire, visa vacances-travail, visa de travail, etc.)