Comme d'habitude, Hyperdia vous montrera toutes les liaisons ferroviaires disponibles, mais attention à bien choisir “Narita Airport Terminal 1” (ou 2) comme gare de départ et pas seulement “Narita” (cette dernière est située dans le centre ville de Narita).
Le Narita Express est la seule liaison ferroviaire directe entre l'aéroport de Narita et Shinjuku, mais c'est aussi la plus chère. Cependant, comme les alternatives moins chères nécessitent de faire au moins un transfert dans une gare centrale de Tokyo, je ne le recommande pas, sauf si vous êtes un utilisateur assez expérimenté du rail urbain japonais (et si c'était le cas, vous ne poseriez pas cette question). Néanmoins, pour votre information, les options de train les moins chères peuvent être trouvées en décochant la case “Limited Express” dans Hyperdia. Cela exclura des résultats les trains express limités plus chers, tels que le Narita Express et le Skyliner, et ne gardera que les trains de banlieue ordinaires moins chers.
Comme l'a souligné Chris H, les limousines sont également une option qui mérite d'être envisagée, surtout si elles s'arrêtent à votre hôtel ou à proximité.