La réponse est simple : cela dépend ! Chaque compagnie aérienne, et même parfois chaque aéroport, aura des règles différentes sur ce qui est autorisé et ce qui ne l'est pas.
En règle générale, la plupart des compagnies aériennes n'enregistreront PAS automatiquement vos bagages pour une correspondance de nuit. Vous devrez normalement récupérer vos bagages à l'atterrissage et les réenregistrer le lendemain matin. Cela est normalement une bonne chose car cela vous permet d'accéder à vos bagages pour votre séjour de nuit.
Cependant, cela n'est pas vrai pour toutes les compagnies aériennes - certaines enregistreront vos bagages, en particulier pour les courts séjours de nuit (par exemple, arrivée à 23h30, départ à 5h30). La seule façon de savoir exactement ce qu'elles vont faire est de demander à la compagnie aérienne, et même dans ce cas, vous pourriez découvrir que lorsque vous arrivez à l'aéroport, elles font quelque chose de différent ! Si vous voulez avoir accès à vos bagages au point d'escale, toutes les compagnies aériennes honorent cette demande au moment de l'enregistrement. C'est ce qu'on appelle le “short-checking”, et bien que toutes les compagnies aériennes ne le fassent pas de manière générale, elles devraient toutes le faire pour une escale de nuit.
Si vous voulez qu'elles gardent vos bagages pendant la nuit, alors cela peut être un peu plus difficile. Certaines compagnies aériennes, et même certains aéroports, ont pour politique de ne pas le faire - aussi, si vous pouvez demander, soyez prêt à essuyer un refus. La seule fois où vous pourrez les convaincre de le faire alors qu'ils refusent autrement, c'est si vous ne pouvez pas passer le contrôle des passeports dans le pays de correspondance (par exemple, si vous n'avez pas de visa), auquel cas vous ne pourrez pas récupérer vos bagages - dans ce cas, ils seront peut-être plus disposés à les enregistrer jusqu'au bout, mais je ne parierais pas que cela réussisse toujours.